Sejak terbentuknya UU No. 35 tahun 2009 tentang Narkotika dan PP No. 23 th 2010 tentang BNN maka status kelembagaan BNN berubah dari pelaksana harian menjadi lembaga pemerintah non kementerian (LPNK) yg berada dibawah dan bertanggung jawab langsung terhadap Presiden RI.

Kehadiran UU No. 35 th 2009 menjadi tonggak terbentuknya kelembagaan struktur vertikal organisasi BNN di daerah. Sebagai langkah dalam program vertikalisasi BNN membentuk dan memperkuat keberadaan BNN di daerah meliputi BNNP dan BNNK untuk mendukung operasional BNNP/ BNNK diperlukan sarana dan prasarana untuk itu dilakukan pembangunan gedung BNNK Sidoarjo yang diresmikan tanggal 29 Desember 2013. Gedung BNNK Sidoarjo beralamat di Perum Taman Pinang dengan luas bangunan 500 m2 dua lantai dengan luas tanah 1.500 m2.